Az Apáthy István Szakkollégium fő céljai:

• a hallgatók önálló tudományos tevékenységének elősegítése ösztöndíjak és eszköztámogatások révén,
• terepgyakorlatok,
• előadások, tudományos konferenciák szervezése.

Mindezen célok eléréshez az ösztöndíjak és egyéb pénzbeli támogatások mellett a Szakkollégium tutorok révén szakmai segítséget biztosít a szakkollégistáknak.

Az utóbbi évek során a szakkollégisták a következő kutatási témákon dolgoztak a szakkollégium keretei között: növényökológia, invázió-biológia, madarak evolúcióbiológiája, molekuláris biológia, denevérkutatás, filogeográfia, tájökológia és tájléptékű modellezés.