Az BBTE orvostudományi hagyománya az Universitas Claudiopolitana-ban (Kolozsvári Egyetem) gyökerezik, ahol 1775/1776-ban megkezdődtek az orvosi tevékenységek. Ezt a hagyományt a kolozsvári magyar, majd a román egyetem keretein belül folytatták. 1945-ben a kolozsvári új „magyar nyelvű egyetem” keretében – amely később a Bolyai Egyetem lett – Orvostudományi Kart alapítottak, amelyet azonban később Marosvásárhelyre költöztettek. 1948-ban, a kommunista oktatási reform keretében az orvostudományi részleget leválasztották a kolozsvári román egyetemről, amely akkoriban a Victor Babeș Egyetem nevet viselte.